Alle Aufgaben im Zusammenhang mit der Fachausweiserteilung oder Diplomerteilung werden der Prüfungskommission der Eidgenössischen Organisatorenprüfungen übertragen. Sie setzt sich aus 12 bis 16 Mitgliedern zusammen und wird durch die Trägerschaft für eine Amtsdauer von fünf Jahren gewählt. Die Prüfungskommission konstituiert sich selbst. Die detaillierten Aufgaben und Pflichten der Prüfungskommission sind in der Prüfungsordnung festgehalten.